En 2016, más de dos mil millones de pesos fueron destinados a la pesca y acuicultura en la Región de Los Lagos: 

La información la dio a conocer el subsecretario Raúl Súnico, quien destacó que la inversión 2016 es la mayor inversión en la región en la historia, doblando los recursos de 2015.

 Un total de $2. 116.439 millones fue el monto destinado por el Fondo de Administración Pesquero para la financiar proyectos de la pesca artesanal en Región de Los Lagos en 2016. A ello se suma el aporte del Gobierno Regional por $630.000 millones.

Como en años anteriores, en este periodo se continuó apoyando la diversificación y el fomento productivo, línea en la que se invirtieron $1.176 millones; además, se destinaron $650 millones en apoyo directo a la pesca artesanal afectada por el fenómeno de marea roja; $150 millones para el programa de Renovación de Praderas de Pelillo; $77 millones en aporte a la pesca recreativa; y $63.439 millones en el programa de energías renovables.

Uno de las líneas destacadas en el programa de marea roja fue la adecuación de las embarcaciones artesanales dedicadas a la extracción de moluscos, para apoyar la diversificación productiva hacia las pesquerías de crustáceos.

Asimismo, se continuó con el programa de mejoramiento de los procesos sanitarios y de comercialización de las capturas de las embarcaciones artesanales de merluza bajo el Régimen Artesanal de Extracción.

Este año se realizó un aporte FAP complementario al programa de Renovación de Praderas de Pelillo, que intenta  implementar semilleros del alga Gracilaria chilensis con distintas técnicas de cultivo. Esta iniciativa también incluye fortalecer la capacidad humana y transferencia tecnológica en la producción de semillas, además de asesoría comercial y organizacional.